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Sur la ligne de Portet-Saint-Simon à Puigcerda (frontière), elle est mise en service en 1861 par la Compagnie des chemins de fer du Midi.
C'est une halte ferroviaire de la Société nationale des chemins de fer français (SNCF) desservie, par des trains régionaux TER Midi-Pyrénées.

Non loin de la gare, le camp du Vernet servit à regrouper les 12 000 combattants espagnols de la Division Durruti1 dès 1939, après la défaite de la République espagnole.
À la déclaration de la Seconde Guerre mondiale, les étrangers « indésirables », les intellectuels antifascistes, les membres des Brigades internationales sont internés au Vernet dans des conditions terribles.
À partir de 1942, il sert aussi de camp de transit pour les Juifs arrêtés dans la région, par l'administration de Vichy dans un premier temps puis, par les Allemands à compter de novembre 1942, après qu'ils ont franchi de la ligne de démarcation.
En juin 1944, les derniers internés sont évacués et déportés à Dachau. Au total environ 40 000 personnes de 54 nationalités ont été internées dans ce camp, principalement des hommes, mais aussi des femmes et des enfants.

Il ne reste rien du camp mais un wagon de type KZ6, ayant les caractéristiques « Chevaux 8, hommes 70 » est exposé depuis 1995 par la SNCF pour rappeler les conditions de déportation et le camp d'internement du Vernet.
Des photos des déportés sont affichées sur le mur nord et des plaques commémoratives et explicatives ont été apposées sur les murs de la gare.